Encimski pripravkiizvirajo iz organizmov in so na splošno varnejši in jih je mogoče uporabiti v ustreznih količinah glede na potrebe proizvodnje. Obstajajo tri glavne skupine mikroorganizmov, ki proizvajajoencimski pripravki: nitaste glive, kvasovke in bakterije, predvsem z uporabo dobrih zračnih bakterij. Sevi in uporaba več glavnih industrijskih encimov so naslednji:
(1) Amilaze
Amilaza hidrolizira škrob, da tvori pastozne malto-oligosaharide in maltozo. Proizvaja se predvsem s potopljeno fermentacijo Bacillus subtilis in Bacillus licheniformis iz rodu Bacillus, slednja pa proizvaja termostabilne encime, poleg tega pa ga proizvajajo tudi potopljeni in poltrdni fermentacija s sevi Aspergillus in Rhizopus, ki je primerna za predelavo hrane. Amilaza se uporablja predvsem za izdelavo sladkorja, odstranjevanje velikosti tekstila, fermentacijo predelave surovin in predelavo hrane. Glukoamilaza lahko hidrolizira škrob v glukozo, ki jo zdaj skoraj vse proizvaja Aspergillus niger potopljena fermentacija za proizvodnjo sladkorja, proizvodnjo alkohola, fermentacijo predelave surovin itd.
(2) Proteaza
Najbolj uporabljeni sevi in proizvodne sorte. Uporabite Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus in Bacillus subtilis za proizvodnjo bakterijske proteaze s potopljeno fermentacijo; uporabite Streptomyces in Aspergillus potopljeno fermentacijo za proizvodnjo nevtralne proteaze in proteaze Aspergillus acid za depilacijo usnja, mehčanje krzna, farmacijo in živilsko industrijo; Nekatere bakterije iz rodu Mucor podvržejo poltrdni fermentaciji, da proizvedejo sirišče, ki nadomesti sirilo, prvotno pridobljeno iz teleta želodec pri proizvodnji sira.
(3) Glukoza izomeraza
Sorta, ki se je hitro razvila v sedemdesetih letih. Prvič, potopljena fermentacija se uporablja za pridobivanje celic Streptomyces. Po imobilizaciji se raztopina glukoze pretvori v sirup, ki vsebuje približno 50% fruktoze. Ta sirup se lahko uporablja v živilski industriji namesto saharoze. Uporaba amilaze, glukoamilaze in glukoze izomeraze za proizvodnjo fruktoznega sirupa iz koruznega škroba je postala ena izmed nastajajočih industrij sladkorja.
