L-cistein se uporablja predvsem v medicini, kozmetiki, biokemijskih raziskavah; uporablja se v krušnih materialih za pospeševanje tvorbe glutena in pospeševanje fermentacije, plesni in preprečevanje staranja. Uporablja se v naravnih sokovih za preprečevanje oksidacije vitamina C in preprečuje, da bi sok postal rjav. Izdelek ima razstrupljevalni učinek, lahko se uporablja za zastrupitve z akrilonitrilom, aromatično acidozo.
Acetilcistein, znan tudi kot N-acetilcistein ali N-acetil-L-cistein (NAC), je zdravilo, ki se uporablja za zdravljenje prevelikega odmerjanja in za razrahljanje goste sluzi, na primer pri cistični fibrozi ali kronični obstruktivni pljučni bolezni.