L-cistein se uporablja predvsem v medicini, kozmetiki, biokemijskih raziskavah; uporablja se v krušnih materialih za pospeševanje tvorbe glutena in pospeševanje fermentacije, plesni in preprečevanje staranja. Uporablja se v naravnih sokovih za preprečevanje oksidacije vitamina C in preprečuje, da bi sok postal rjav. Izdelek ima razstrupljevalni učinek, lahko se uporablja za zastrupitve z akrilonitrilom, aromatično acidozo.