Vitamin D3 je eden tistih vitaminov, pri katerih lahko pomanjkanje povzroči hude posledice. Otroci, ki v prehrani ne dobijo dovolj vitamina D3, imajo večje tveganje za razvoj rahitisa, bolezni, ki pri otrocih povzroča malformacije kosti in zob.
Odrasli z nizko vsebnostjo vitamina D3 pogosteje razvijejo osteomalacijo (podobno kot rahitis) in trpijo za osteoporozo, boleznijo, ki oslabi kosti. Lahko se široko uporablja v prehranskih dopolnilih, prehrani, aditivih za hrano in krmo itd.